海关管理保税工厂办法
财政部台财关字第1111023208号令
第一章 总则
第1条 本办法依关税法第五十九条第四项规定订定之。
第2条 保税工厂进出口（包括视同进出口）保税货物，海关得视其等级依有关规定增减查验比率或予以免验。
第3条（删除）
第二章 登记
第4条 依公司法组织登记设立之股份有限公司，其实收资本额在新台币五千万元以上，设有登记合格之工厂，并具备下列条件者，得向海关申请核准登记为保税工厂：
一、公司财务无累积亏损或申请时前三年（成立未满三年者，以其存续期间为准）平均无亏损者，或虽有累积亏损，其亏损后资本净额仍在新台币五千万元以上，或已按扣除累积亏损后资本净额不足新台币五千万元之金额办理增资或提供其他担保。
二、公司之欠税及罚锾已缴清或已提供相当担保。
三、厂区适于管理，设有警卫室，并派员驻守。
四、具备制造外销成品应有之机器设备及完善之安全设施，经海关勘查符合规定。
五、分设之原料及成品仓库，经海关勘查合格。 但有不宜仓储之笨重或具危险性之保税物品者，应另设经海关认可之适当储存处所。
六、厂房设施符合第五条所定标准。
七、具备电脑以处理有关保税业务帐册、报表及相关资料。
经依其他法律规定核准在中华民国境内设立之外国分公司，其实际汇入并经登记之营业资金在新台币五千万元以上，设有登记合格之工厂者，得依前项规定向海关申请核准登记为保税工厂。
第一项第一款累积亏损之认定，以经会计师签证前一年度之财务报表为准。
海关视实施货物通关自动化管理作业需要，得依实际情形公告要求保税工厂设置电脑及相关联机设备以电子数据传输方式处理有关保税业务，其作业规定，由海关订定之。
中华民国90年12月30日前已核准登记之保税工厂未符合第一项第七款规定者，应于本办法台湾102年6月10日修正施行之翌日起算六个月内建置完成。
第5条 保税工厂之厂房设施应符合下列标准：
一、生产机器及设备已安装完竣，能立即开工生产或已在生产中。
二、原料仓库及成品仓库须为坚固之建筑，且具有防盗、防火、防水、通风照明及其他确保存货安全之设施，并须与办公室保持适当之隔离。
三、工厂范围应与外界有适当之隔离设施。
第5-1条 经主管机关核准登记之工厂或已向主管机关提出申请登记之新设工厂，于向海关申请登记为保税工厂前，得检送工厂登记编号或工厂登记申请证明之有关文件，向海关申请派员实地辅导保税工厂之设立。
第6条 申请登记为保税工厂者，应检具下列文件，向工厂所在地海关办理：
一、申请书：应载明公司名称、统一编号、工厂登记编号、公司地址、资本额、负责人姓名、身分证统一编号、电话号码及工厂地址。 尚未完成工厂登记者，得先检具工厂登记申请证明文件代替工厂登记编号，并于主管机关核准工厂登记后，海关依第七条第一项规定办理勘查前予以补正。
二、特许营业证及其影本各一份; 非特许事业者，免送特许营业证。
三、公司章程及董监事名册一份。
四、产品清表一份。
五、工厂、仓库、笨重原料等储存处所及生产机器配置平面图各一份。
六、保税工厂印鉴登记卡。
七、产品生产程序说明书及其各步骤使用原料名称、数量暨工厂原物料管理制度有关资料各一份。
八、最近三年（成立未满三年者，以其存续期为准）经会计师签证之财务报表一份。
九、保税工厂之厂房使用执照、建物所有权状与土地所有权状及其影本各一份; 如系租赁者，应另检附租赁契约与其影本各一份及厂房所有权人承诺书，载明同意该保税工厂经废止其登记时，其保税物品可无条件继续存放在厂房仓库至少六个月，以供监管海关处理保税物品。
申请登记为保税工厂者，于海关核准登记前，如有先行进口自用机器、设备之需要，得向海关申请临时监管编号，并缴纳进口税款保证金，办理通关手续。
前项保证金，于核准登记为保税工厂后，得向海关申请退还; 经否准登记为保税工厂者，海关得径以前项保证金抵缴进口相关税费。
申请厂商设有二个以上之工厂者，得分别就其中一个或二个以上之工厂申请设立保税工厂。 但各工厂间有相互提拨原料、半成品、成品之关系或产制外销成品具有连贯性之制造程序者，不得仅就其中部分程序工厂申请登记为保税工厂。
第7条 前条申请案件，海关应于书面审查合格之翌日起一周内派员赴厂勘查，经勘查合格之翌日起一周内通知外销工厂洽期办理监管，发给保税工厂登记执照。
保税工厂之公司名称、地址、负责人、营业项目、工厂地址如有变更，或实收资本额减少时，保税工厂应于办妥变更登记之翌日起三十日内检送有关证件复印件，向监管海关办理换照手续。 但营业项目或厂址变更，应于变更前先报请监管海关核准。 资本额增加时，应以书面向监管海关报备，得免单独申请换照，俟其后有其他变更事项或须办理换照时再并案办理。
因公司名称、负责人变更，依第二项办理变更登记之保税工厂，应于核准换照登记之翌日起15日内向监管海关办理印鉴变更登记、在未办理变更前原印鉴仍得继续使用。
经海关核准登记之保税工厂，应于工厂门首悬挂名牌，其名称为：「财政部关务署××关监管××公司保税工厂」或「财政部关务署××关监管××公司××厂保税工厂」。
第8条 保税工厂得依保税仓库设立及管理办法之规定，向海关申请于厂区内设立自用保税仓库。
前项自用保税仓库应与厂区其他部分隔离。
第9条 经核准登记之保税工厂，由海关发给执照，并应每二年检具第六条第一项第二款、第六款及第九款规定之文件办理校正一次。
第三章 保税工厂之管理
第10条 保税工厂应于海关接管或制造新产品之翌日起一个月内且产品未出口前，造具产品单位用料清表一式二份，列明产品之代号、名称、规格、数量及所需各种原料之料号、名称、规格或型号、应用数量（实用数量加损耗数量）或实用数量、单位等项，送监管海关备查，必要时海关得予以查核，并要求提出制造程序说明书及其他有利查核之文件。 未送监管海关备查，而产品已先行出口者，不予除账。 但出口者如为样品或特殊原因已于出口前检附相关证件，向监管海关申请报备，得于出口之翌日起一个月内送监管海关备查，逾期不予除账。
保税工厂产品核销保税原料，按产品单位用料清表审定之应用数量或实用数量除账，其以应用数量除账者，生产过程中所产生之下脚、废料不得另为报废除账。
海关应于收到第一项规定的产品单位用料清表备查后将其中一份发还保税工厂作为核销保税原料之依据。
保税工厂原送之产品单位用料清表如有变动，应于变动后另造新表，列明原向海关备查或核准文号送监管海关备查，其造送及审定期限比照第一项规定办理。
保税工厂所使用之原料，其价格、性质及功能相近而可相互替代流用者，应于产品单位用料清表列明，送监管海关备查。
前项原料如为经济部国际贸易局项目核准输入之大陆地区物品或经财政部公告应课征平衡税或反倾销税之物品，应编列不同料号，且不得替代流用。
产品单位用料清表之适用期限，自送监管海关备查或核准之翌日起三年，期限届满前应由保税工厂重新造送监管海关备查。
第一项之产品单位用料清表及第四项之变更产品单位用料清表，得经监管海关核准以电子媒体储存备查。 但保税工厂所使用之原料，经财政部公告应课征平衡税或反倾销税者，其产品单位用料清表之电子资料应传输关港贸单一窗口供海关审核。
第11条 保税工厂应以厂为单位，分别设立原料帐册、成品帐册及自用机器、设备帐册，详细记录进出数量、结存数量等动态资料。 如海关认为必要者，并应设立半成品及在制品之动态纪录，以供监管海关随时查核。
前项之帐册、保税工厂厂外加工纪录卡及出厂放行单，以电脑处理者，应将有关资料依第十八条规定之期限输入建档，以备海关随时查核，并按月印制替代原料帐册、成品帐册及自用机器、设备帐册、厂外加工纪录卡及出厂放行单使用明细之表报，次月二十日前印妥备查。
前项之帐册及使用明细之表报，得经监管海关核准以电子媒体储存备查。
保税工厂厂外加工纪录卡及出厂放行单，以人工登帐方式处理者，使用前均应报请海关验印。
保税工厂进口或国内采购供加工外销用之非保税原料，如系可与其他保税原料相互替代流用者，应一并登列于原料帐，纳入管理范围。
前条第六项之原料及其产制品，应分别设置独立原料及成品帐册，以备监管海关查核。
第六条第四项但书之各保税工厂间，得经辖区监管海关核准实施提拨作业，并应以厂为单位，依提拨物品性质分别设立原料、半成品、成品提拨帐册及提拨总帐，详细记录提拨物品之拨出、拨入及提拨结存数量，以备海关查核，年度结算时各保税工厂应合并办理结算。 但依第十二条规定于原料、成品帐已增设提拨专属字段供登载者，得免设立原料、成品提拨帐册。
前项提拨账册准用第二项及第三项规定。
第11-1条 保税工厂之自用机器、设备，进口届满五年并逾行政院规定「固定资产耐用年数表」年限者，得由保税工厂自行除账，海关免列帐监管。
保税工厂自用机器、设备，于进口后六个月内无外销实绩者，监管海关应查明实情并限期改善，无正当理由逾期未改善者，海关得通知保税工厂补缴进口税捐后除账。
前二项货物订有输入规定者，办理除账时应检具主管机关同意文件。
第12条 本办法规定之账册、表报，应依照海关统一制订格式印制使用。 但保税工厂须自行设计格式或更改海关统一格式者，均应事先报请海关核可后，方准使用。
第13条 保税工厂有关保税之帐册及编制之报表，应于年度盘点结案后保存五年; 其有关之凭证，应保存三年。
前项有关之凭证，保税工厂于盘存结案后，除报经监管海关核准，以微缩影片、磁带、磁盘片或其他电子媒体等按序摄录，并依规定年限保存者外，原始凭证不得销毁。 监管海关依法进行查案时，如需复印凭证及有关文件，保税工厂应负责提供所需复印之凭证及有关文件。
海关因稽核或监管需要，除得查阅保税工厂保税帐册、报表外，并得派员持凭公文查阅其他帐册、报表及其他凭证，保税工厂不得拒绝。
第14条 保税工厂存储之保税物品，应依序存放于经海关核定之仓库或场所，并编号置卡随时记录保税物品存入、领出及结存数量，以备查核。 但采用电脑控管并可在线上实时查核者，得免设卡。 保税物品仓库由厂方负责看管，于停工时加锁，其连续停工十日以上者，应向海关申报，海关得派员联锁。
第15条 保税工厂自仓库提取原料、半成品时，应填具「领料单」，依照规定程序办理，并保留其凭证，以备查核。
前项提领之原料、半成品退回仓库时，亦应填具退料单，依照规定程序办理，重新入帐存入仓库，并保留凭证，以备查核。
前两项之「领料单」及「退料单」，如工厂原有其他表报足以替代或作业程序特殊者，得于申请海关核准后准予替代或免予填报。
第16条 保税工厂产制之保税成品，应按日填具「成品存仓单」，登帐存入成品仓库; 出仓时应填具「成品出仓单」，载明出仓原因后，出仓登帐。 但工厂有其他表报足以代替者，得申报核定以其他表报代替之。
第17条 保税工厂之保税物品，除直接出口或售与保税区者外，应依规定申请海关核准或向海关报备，始得出厂。
保税工厂之物品出厂时，均应由保税工厂依规定填具出厂放行单，由驻守警卫凭放行单放行。
前项出厂放行单应编列序号，按序使用，并保留其存根联，以备查核。
第18条 保税物品进出厂（仓），应于进出厂（仓）之翌日起二日内登列有关帐册。 但自国外进口保税物品，应于海关验放之翌日起一周内登帐。
第19条 保税工厂因厂内仓库不敷存储，必须租用厂外仓库时，应符合下列各款条件，并报请监管海关核准后，方可使用：
一、须为坚固之建筑，且具有防盗、防火、防水、通风照明及其他确保存货安全之设施。
二、取具主管机关核发之仓库或厂房使用执照、建物所有权状与土地所有权状及其影本各一份; 如系租赁者，应另检附租赁契约及其影本各一份与建筑物所有权人承诺书，载明同意该保税工厂经废止其登记时，其保税物品可无条件继续存放在厂外仓库至少六个月，以供监管海关处理保税物品。
第20条 加工外销工厂核准登记为保税工厂后，应于海关指定之接管日期由海关派员会同办理盘存（简称接管盘存）。 其盘存之原料、在制品、半成品及成品之进口税捐，准凭保税品盘存统计表（简称盘存统计表）办理冲退税。
已登记接管之保税工厂每年应办理保税物品盘存一次（简称年度盘存）。 年度盘存之盘存日期距上年度盘存日期，最短不得少于十个月，最长不得超过十四个月，其有特殊情形，事先报经监管海关核准者，得酌予提前或延长。 但海关认有必要时，得随时予以盘存。
前二项盘存，事后发现错误或漏列等情事时，得由保税工厂在该项保税物品未动用前向监管海关申请复查，经海关查明属实者准予更正。 但逾盘存日之翌日起二周申请者，不予受理。
保税工厂应于盘存日之翌日起二个月内，根据盘存清册编制盘存统计表、存仓保税原料及成品结算报告表、自用机器、设备结算报告表、保税原料结算报告表及其在制品、半成品及成品盘存数折合原料分析清表、出口成品及内销成品折合原料分析清表，送交监管海关备查，必要时予以查核。 但如有特殊原因，经申请海关核准者，得延长一个月，并以一次为限。
前项送交监管海关备查之各类表报，得经监管海关核准以电子媒体储存备查。 但经委托之会计师审核签章更正相关表报内容者，不适用之。
保税工场年度盘存清册，海关于核定后，得应税捐稽征机关要求，分送各该稽征机关参考。
保税工厂年度盘存得依海关所定方式申请核准实施不停工盘存或假日盘存。
第21条 保税工厂依前条规定办理盘存之保税物品，如实际盘存数量与当年度账面结存数量不符时，按下列规定办理：
一、实际盘存数量少于账面结存数量，如未逾盘差容许率者，准免补缴税捐; 逾盘差容许率者应于接获海关核发之补税通知之翌日起十日内缮具报单补缴进口税捐。
二、实际盘存数量多于账面结存数量，其数量大于盘差容许率者，应叙明理由报请监管海关查明原因，倘系产品单位用料量偏高者，应修订产品单位用料清表，供次年度结算时使用。
同一种类或可相互替代流用之原料，如部分为保税部分为非保税，年度结算时应一并列入盘点，并按实际使用数量冲销保税及非保税原料账。 未能查明其实际使用数量者，应优先冲销保税原料数量。 非保税原料发生盘差者，免予补税。
保税工厂盘差容许率，由海关分业分类公告并刊登行政院公报。
保税工厂之保税物品如有发生短少之情事，应于事实发生之翌日起十五日内，向海关申报并补税。
第22条 保税工厂应指定至少二名该厂具保税业务人员资格正职人员办理保税业务，其任用资格除应具有国内外高中或高职以上学校毕业之学历或经同等学力鉴定考试通过，并经监管海关或海关审查通过之民间机构举办保税业务人员讲习取得结业证书外，其中一名应为保税业务主管级人员，并向海关报备。
第23条 保税工厂受托办理加工业务，应经监管海关核准及受海关监管。
第24条 保税工厂办理相关产品之检验、测试、修理、维护业务，或安装该等业务所需之作业软件，应经监管海关核准及受海关监管; 另应设置办理检验、测试、修理、维护货物之存放专区，并独立设置维修服务账册，报经监管海关核准及验印。
前项产品为保税工厂自国外进口者，应于进口放行之翌日起六个月内复运出口，其情形特殊者，得于期限届满前以书面叙明理由向监管海关申请延长，延长期间以六个月为限; 未于期限届满前出口者，应于期限届满之翌日起十日内缮具报单补税。
第一项产品有使用保税原料维修者，应于该货物出口（厂）前，向监管海关申报维修货物装卸之保税原料、零组件对照清表备查，逾期或未送备查者不予核实除账，其拆卸之零组件，应登列专用账册控管，并准用第四十四条第一项及第二项规定办理。
第25条 监管海关得派员前往保税工厂稽核或办理下列事项：
一、查核保税工厂生产情形，原料、成品仓库之存量，自用机器、设备管理情形，及保税工厂之帐册与表报。
二、稽核保税工厂产品单位用料清表、非保税产品使用原料项目清表及审核盘存各项报表。
三、会同保税工厂盘查保税物品。
四、监督销毁保税工厂之副产品及经项目核准销毁之自用机器、设备、次品或呆料。
五、辅导新成立或经营管理欠佳，须加强监管之保税工厂。
六、稽核其他有关监督保税工厂之业务。
第26条 保税工厂经废止登记后，其保税物品依下列规定办理：
一、所有保税物品，应由海关封存或与保税工厂联锁于该工厂之仓库内，海关应不定期派员巡查，必要时得予保管。
二、经废止其登记之保税工厂应向监管海关洽订或由监管海关径予订定盘存日期，依照第二十条有关规定办理盘存（简称结束盘存），如实际盘存数量与账面结存数量不符时，依第二十一条第一项规定办理。
三、经盘存之保税物品，除依第四款规定办理者外，监管海关应即按结存数量发单课征各项税捐（成品及半成品概按其所使用保税原料之形态核课税捐）。
四、在海关未发单征税前，如因生产或外销之需要或售与科学园区园区事业、科技产业园区区内事业、农业科技园区园区事业及自由港区事业或其他保税工厂者，保税工厂得提供相当税款金额之担保，报经监管海关核准后提领使用保税物品。 但应于核准之翌日起一年内检附出口证明文件向监管海关办理销案，届期未销案者，由海关就担保品抵缴应纳税捐。
未能依前项规定办理结束盘存者，海关得径依帐面结存数量课征各项税捐。
设立保税工厂之公司经法院破产宣告且海关尚未废止保税工厂之登记前，保税物品应依破产法及其相关规定办理，如有提领使用保税物品需要者，得提供相当税款金额之担保，报经监管海关核准后提领使用，并应于核准之翌日起一年内向监管海关办理销案，届期未销案者，由海关就担保品抵缴应纳税捐。
第27条 海关对保税工厂之管理得采分级制度。
第27-1条 保税工厂生产非保税产品，应经监管海关核准及受海关监管。
前项所称非保税产品，指保税工厂使用自国外进口或自保税区输入，并已办理报关完税之原料，或向课税区采购之原料所产制之产品。
第四章 保税物品之通关
第28条 保税工厂进口原料、自用机器、设备应缮具报单依照一般货物进口规定办理通关手续。 海关于必要时，得派员在保税工厂内办理查验。
前项自用机器、设备，进口前应检附机器设备名称、型号、规格、数量（单位）及其他相关文件（例如型录、用途说明、生产机器配置平面图、厂区安装配置图、生产保税产品制造程序说明书等），经监管海关准予备查，始得适用相关免税规定。
第29条 保税工厂不得将非保税原料及非自用机器、设备列为保税物品报运进口。 如有误列，应于放行之翌日起三十日内缮具报单，向监管海关申请补缴进口税捐。
第30条 保税工厂进口原料、自用机器、设备因退货、调换或其他原因复运出口者，应缮具报单依照一般复运出口货物出口之规定办理通关手续。
第30-1条 保税工厂进口成品货样，需复运出口者，得依关税法第五十二条规定办理，并由保税工厂具结保证于放行之翌日起六个月内复运出口，免提供相当税款金额之担保。 不依规定期限复运出口者，应于期限届满之翌日起十日内缮具报单补税。
前项成品货样，保税工厂应登列帐册控管以供海关查核，且不得于复运出口前剪裂、破坏。
第31条 国内厂商售与保税工厂之加工原料、自用机器、设备，如需办理冲退税捐者，其通关程序如下：
一、进厂时买卖双方应联名缮具报单，检附发票、装箱单等报经监管海关核准后放行进厂登帐。 监管海关应于核准之翌日起二十日内核发视同出口报单副本，交国内厂商凭以办理冲退税。
二、前款之加工原料交易，得先凭交易凭证点收进厂登帐，于次月十五日前依前款规定按月汇报，并以该批货物报单放行日期视同进出口日期。
未依前项规定办理而进入保税工厂之物品，概按非保税物品处理。
第一项自用机器、设备准用第二十八条第二项规定。
第32条 前条第一项货品发生退货情事时，应于进厂之翌日起三个月内由买卖双方联名缮具退货申请书，报经监管海关核准。 原供应厂商已领有视同出口证明文件者，应予收回注销或更正，并通知有关机关注销或更正; 其已办理冲退税捐者，应缴回已冲退税捐，并通知所属税捐稽征机关，始可办理退货。
进厂三个月后之退货案件，其退货手续按一般货品进口通关程序办理，并按该货进厂形态课税。
第33条 保税工厂之保税物品售与或输往科学园区园区事业、科技产业园区区内事业、农业科技园区园区事业及自由港区事业或其他保税工厂，应于出厂时由双方联名缮具报单检附报关必备文件，向海关办理通关手续; 如为自用机器、设备者，应并于报单中叙明改变原用途之原因。
前项货品发生退货或运回时，应由双方联名缮具报单，检附报关必备文件，向海关办理通关手续。
前二项交易除自用机器、设备外，准用第三十一条第一项第二款规定。
第33-1条 保税工厂之保税物品进储物流中心、保税仓库或进储之物品发生退货时，其通关手续依前条第一项及第二项规定办理。
前项保税物品进储物流中心或属自用之保税仓库，除退货外，得向海关申请先凭发票、装箱单及相关文件点验出厂并登帐，于次月十五日前按月汇报。
第34条 保税工厂出口保税产品应缮具报单，并报明向监管海关备查之保税产品单位用料清表文号及页次或申请出口后再造送该清表之报备文号，出口地海关认有必要时，得要求保税工厂提供已备查之用料清表复印件或向监管海关申请报备文号，未经备查者，依照一般货物出口之规定向出口地海关办理通关手续。
前项保税产品出口时，应将出厂放行单一联随运输工具附送至出口地海关，如出口货物系分装多车运送，或分次多批运送者，其出厂放行单上应注记所有装运之车号及每车件数，或各批次之件数，以备海关稽核。
第35条 保税工厂出口货物由出口地海关查验，如因包装特殊不宜在出口地查验者，得申请监管海关派员在厂内查验后押运、或监视加封运送至出口地办理通关手续。 但出口地海关认为必要时，仍得复验。
第36条 保税工厂出口之保税产品因故退货复运进口者，应缮具报单依照一般复运进口货物进口之规定办理通关手续，并于进厂后存入成品仓库并入账。
第37条 保税工厂之保税产品或保税原料售与税捐记账之外销加工厂再加工外销者，其通关程序如下：
一、由买卖双方联名缮具报单，检附发票、装箱单等有关文件，依第四十条第三项规定，向监管海关申报办理税捐记账及放行手续，始准出厂。 保税工厂得于提供担保后，先行出厂，在次月十五日前检附有关证明文件，办理按月汇报手续。
二、依前款规定放行之货物，得分批出厂，但应于签放之翌日起一个月内出货完毕。
前项外销加工厂之税捐记账应依照外销品冲退原料税办法有关规定办理，并以经办海关签放报单日期为视同出口及进口日期。
第38条 前条保税产品售与外销加工厂后发生退货时，应依下列规定办理：
一、由买卖双方联名缮具退货申请书及报单，于报单上注明「XXX 报单退货」字样，并检附装箱单及原报单复印件，于视同出口及进口放行之翌日起一年内向监管海关申请核办，经核准后退货进厂登帐，原出售工厂已领有视同出口证明者，监管海关应同时通知有关税捐稽征机关。
二、监管海关办毕前款手续后，应发给退税用报单副本与原购买厂商，凭以办理冲退税。
第39条 保税工厂之保税产品由其他厂商或贸易商报运出口者，应依第三十四条之规定办理，并于出口报单上载明本批货物由xxx保税工厂供应，除该保税工厂得申请除帐外，出口厂商不得申请退税字样，于出口后交由保税工厂除账。
第40条 保税工厂内销之保税产品，应由保税工厂或由买卖双方联名缮具报单，报经监管海关依出厂时之形态补征进口税捐后，始准放行出厂。
前项内销之保税产品，除该产品系属使用供装配用已逾百分之五十以上之单一半成品所制成者，应依完税价格按有关税率核计关税外，得由厂商向监管海关申请依下列方式之一课征关税：
一、内销保税产品应依完税价格减去百分之三十后，就其余额按有关税率核计关税。
二、内销保税产品有使用非保税原料经海关查明属实者，依完税价格先扣除该项非保税原料部分之价值后，就其余额按有关税率核计关税。
保税工厂内销之保税产品，如经再加工外销，得依外销品冲退原料税办法等有关规定办理退税。 但属于取消退税之货品项目，仍不得退税。
保税工厂进口原料，经监管海关核准改为内销者，准用第一项及第三项之规定办理。
第40-1条（删除）
第41条 第四十条内销补税案件，得由保税工厂或买卖双方联名向监管海关申请按月汇报，并依下列规定办理：
一、由保税工厂提供相当金额之担保，其金额由海关视实际需要调整之。
二、保税工厂应设置按月汇报内销登记簿，于货品出厂前，按出厂批数、逐批登记内销日期、货名、规格、数量及预估税额后，于担保额度内准予先行提货出厂。
三、次月十五日前，将上月内销货品，汇总缮具报单，依第四十条第二项规定办理补税。
第41-1条 未除账之保税工厂自用机器、设备，售与课税区厂商，应缮具报单，依实际交易价格缴纳关税。
第42条 保税工厂之保税产品售与或赠与国内外厂商或到厂参观之客户，其价值未逾免签证限额者，依下列规定办理：
一、售与或赠与国内厂商者，依第四十条规定办理。
二、寄送国外厂商者，依第三十五条规定办理。
三、交与到厂参观之国外客户，或由厂方人员或受其委托之快递专差随身携带出口者，应填具「携带保税工厂产品出口（或复运进口）申请书」，交国外客户、厂方人员或快递专差具领出厂，并于出厂之翌日起十日内，凭出口地海关出口证明销案; 保税工厂事先透过电子传输方式申请随身携带保税工厂产品出口，且经出口地海关进行到货注记之案件，由监管地海关查明后自营销案。 随身携带出口之保税产品携带复进口时，应持凭原「携带保税工厂产品出口（或复运进口）申请书」，向进口地海关报验进口，并于放行之翌日起一周内进厂存仓及入账。
保税工厂之国外客户、厂方人员或受其委托之快递专差携带保税原料出口或复进口时，其价值未逾免签证限额者，准用前项第三款规定办理。
政府机关派员出国或接待来访外宾向保税工厂购买保税产品赠送友邦人士者，得凭中央各院所属一级单位证明及收据提领出厂销案。
保税工厂应设置未逾免签证限额保税产品出厂登记簿，并报请监管海关验印，逐笔登记保税产品出厂之日期、名称、规格、数量及缴税金额，以备查核。
第一项第三款或第二项、第三项保税产品未依规定销案，且未运回厂内者，应于销案期限届满之翌日起十日内缮具报单，并准用第四十条第二项规定办理补税。
第五章 保税物品之管理
第43条 保税工厂不能外销之保税次品与在生产过程中所产生之保税副产品、下脚、废料及自用机器、设备废品等，均应按类别、性质存储于仓库或经海关认可之其他场所，并应设置账卡，随时记录存、出情形。 但半成品形态之废料，应分别列明使用原料情形，以备查核。
第44条 保税工厂保税之次品、副产品、下脚、废料、呆料及自用机器、设备废品，应依下列规定办理：
一、有利用价值部分：依海关进口税则从量或按售价核定完税价格（次品依第四十条第二项规定核计）课征税捐后准予内销; 或由海关予以监毁后，依其残余价值向海关报关补税，提领出厂。 但下脚、废料因数量多或体积庞大，不易于厂内销毁报废，且其产品单位用料清表系采应用数量申报，无须办理除帐者，保税工厂得事先预估三个月数量，向海关申请核准先行办理报关，并缴纳相当金额之保证金放行，分批提领出厂; 届期无法全部提领出厂者，得向海关申请延长，其延长期限不得超过一个月，并以一次为限。
二、无利用价值部分：由海关视需要派员或会同各有关主管机关监毁。
前项第一款但书经海关核准先行办理报关之下脚、废料，应于先行办理报关放行后四个月内，检具实际数量之交易发票，供海关核定完税价格; 其有正当理由者，应于期限届满前向海关申请延长，其延长期限不得逾报关放行后一年。
保税工厂因故未能复运出口之呆料或未能外销之保税产品或次品，得于原料保税进口或加工完成之翌日起二年内，依第一项规定办理后除账，逾期应即依第一项第一款规定课征税捐后准予内销。 但遇有特殊情况，未及于前开期限内办理者，得于期限届满前，向监管海关申请延长，其延长期限不得超过一年。
前条之保税副产品、下脚、废料等，未在保税产品单位用料清表用料量中另列有损耗率，或虽已列有损耗率而未经核准者，得核实冲销保税原料帐。
第一项监毁案件，应事先造具报废清册，列明保税货物品名、编号、规格、数量及单位，并检附有关证明文件，以书面或电子传输方式向监管海关提出申请; 安全认证优质企业经评定为优级之保税工场，向海关申请免派员监毁经核准者，应于销毁完成之翌日起14日内，于报废清册加注销毁日期、地点、销毁方式及清运出厂目的地，并检附销毁后货物图片及其他有关证明文件，以书面或电子传输方式送监管海关核备。
第44-1条 前条所称保税工厂保税之次品、副产品、下脚、废料、呆料及自用机器、设备废品，定义如下：
一、次品：指产品存在缺陷或瑕疵，致未达客户质量要求，但仍具备产品全部或部分功能，仍可供销售者。
二、副产品：指在生产目标产品过程中，附带产出之其他产品。
三、下脚：指产品在制造过程中，残留之渣滓、边料等，且为保税工厂不能利用者。
四、废料：指生产过程中，所产生不堪使用之物品。
五、呆料：指因工厂生产计划变更、产品类型变更、国外订单取消、数量确属零星等原因而不予使用，或库存期间已逾六个月之保税原料。
六、自用机器、设备废品：指保税工厂不堪使用之自用机器、设备，其技术上已不存在修复可能性，或修复所需费用在经济利益上显不相当者。
第45条 保税工厂存仓或在制之保税物品，遭受水灾、风灾、火灾或其他天然灾害而致损毁，经于灾害事实终止之翌日起一周内报请海关查明属实者，得核实除账。
保税工厂存仓或在制之保税物品，遭受失窃而致短少，经向警察机关报案取得证明报请海关查明属实者，应自失窃之翌日起三个月内补税除账，其有特殊情形，报经监管海关核准者，得申请提供保证金暂免补税，惟最长不得超过六个月，期满后如仍未找回，即将保证金抵缴税款结案，找回部分海关应将保证金退回。
第46条 保税工厂进口保税之原料或加工品，得申请监管海关核准后运出厂外加工，并以加工至半成品且该加工品以仍能辨别其所加工之原料者为限。 但保税工厂所生产之保税产品已超过工厂产能，且其事先已具结负责以自己名义将运出厂外加工之保税产品径行出口或售与其他保税工厂、科学园区园区事业、科技产业园区区内事业、农业科技园区园区事业或自由港区事业再加工出口者，得申请监管海关项目核准其运出厂外加工至成品。
前项厂外加工，应由保税工厂先缮具出厂加工申请书，载明加工厂商名称、地址、公司统一编号及工厂登记编号（其为自然人者，姓名、地址及身份证统一编号）、使用原料及加工品名称、数量以及加工期限等，并检附厂外加工品用料清表及合约向监管海关申请核准后，填具已经海关验印之厂外加工纪录卡一次办理出厂，或在所核准之种类、数量及加工期限范围内， 逐批填具厂外加工纪录卡，分批出厂。 但保税工厂委托所属同一法人其他分厂之厂外加工案件，得检附其他相关证明文件代替合约。
保税工厂自国外进口或自其他保税工厂、科学园区园区事业、科技产业园区区内事业、农业科技园区园区事业及自由港区事业购买之保税原料，得申请监管海关核准，直接运至加工场所，进行厂外加工，其加工并以加工至半成品且须运回保税工厂为限。
厂外加工由加工厂所添加之原料，不得申请退税。 但加工厂为保税工厂者，得申请除账。
运出厂外加工保税之原料或加工品，如发生损耗致与运出数量不符时，应由海关查明原因，依照本办法及其他有关法令规定处理。 其加工过程较为复杂者，保税工厂或加工厂商应事先提供资料，以供查核。
厂外加工之期限，以经监管海关核准厂外加工之翌日起六个月为限。 但有特殊情形者，得于期限届满前，申请海关核准延长，其延长期限不得超过三个月，并以一次为限。 不依规定期限运回工厂者，应于期限届满之翌日起十日内缮具报单补税。
第47条 保税工厂保税物品出厂测试、检验、核样或修理，应填具申请书经监管海关核准后提领出厂。
前项保税物品出厂，监管海关得视物品数量及性质核定作业期间，其需展期者，应于届满前，以书面说明原因，向海关申请。 但出厂期间合计不得超过六个月。
第一项保税物品进出厂时，应登载于经海关验印之保税工厂送外测试、检验、核样或修理保税物品进出厂登记簿。 不依第二项规定期限运回工厂者，应于期限届满之翌日起十日内缮具报单补税。
保税工厂进口或自科学园区园区事业、科技产业园区区内事业、农业科技园区园区事业及自由港区事业或其他保税工厂购买之保税原料，得经监管海关核准直接运至检验测试厂所从事厂外检测。
保税工厂得申请监管海关核准事先具结负责以自己名义将运出厂外检测之保税产品径行出口或售与科学园区园区事业、科技产业园区区内事业、农业科技园区园区事业及自由港区事业或其他保税工厂。
第48条 保税工厂复运进口之保税外销品得经监管海关核准运出厂外维护、修理，并准用第四十六条规定办理。 未依规定办理者，除事先经核准并以径行复运出口者外，应于期限届满之翌日起十日内缮具报单补税。
第49条 代保税工厂加工之厂商应设置专区存储保税原料及加工品，并应设置账卡随时记录保税物品之存入、领出及结存数量，以备海关查核。
前项加工厂商已采电脑连线控管保税物品之存入、领出及结存数量，供监管海关在线查核者，得免设置账卡。
第50条 保税工厂保税产品出厂展列，应填具展览品进出厂申请书，并检附有关文件（如展览单位之邀请函等），报请监管海关核准后提领出厂。
保税产品出厂展列时间不得超过六个月，其需展期者，应以书面说明原因向海关申请，但合计期间以不超过一年为限。
展列之保税产品应于明显处加贴「本产品仅供陈列之用」之签条。
展列之保税产品进、出厂时，应登载于展列保税产品进、出厂登记簿。 保税产品出厂展列不依第二项规定期限运回工厂者，应于期限届满之翌日起十日内缮具报单补税。
第六章 罚则
第51条 保税工厂未依第二十一条第一项及第四项、第二十四条第二项、第二十六条第一项第二款、第二十九条、第三十条之一第一项、第四十条第一项及第四项、第四十一条第三款、第四十一条之一、第四十二条第一项第一款及第五项、第四十四条第一项至第三项、第四十五条第二项、第四十六条第六项、第四十七条第三项、 第四十八条及第五十条第四项规定期限缮具补税报单并检附相关文件办理通关手续者，除由海关径予核计，核发税款缴纳证补征税款外，海关依关税法第八十九条规定，予以警告或处新台币六千元以上三万元以下罚锾，并得命其限期改正; 届期未改正者，按次处罚; 处罚三次仍未完成改正者，得停止六个月以下之按月汇报，并得停止其一个月以下原料保税进口。
第51-1条 保税工厂有下列各款情事之一者，由海关依关税法第八十九条规定，予以警告或处新台币六千元以上三万元以下罚锾，并得命其限期改正; 届期未改正者，按次处罚; 处罚三次仍未完成改正者，得停止六个月以下之按月汇报，并得停止其一个月以下原料保税进口：
一、保税工厂之保税物品售与或输往科学园区园区事业、科技产业园区区内事业、农业科技园区园区事业及自由港区事业或其他保税工厂按月汇报案件，未依第三十三条第三项准用第三十一条第一项第二款规定期限缮具报单并检附相关文件办理通关手续者。
二、保税工厂之保税物品进储物流中心、自用保税仓库按月汇报案件，未依第三十三条之一第二项规定期限缮具报单并检附相关文件办理通关手续者。
第52条 保税工厂有下列各款情事之一者，由海关依关税法第八十九条规定，予以警告或处新台币六千元以上三万元以下罚锾，并得命其限期改正; 届期未改正者，按次处罚; 处罚三次仍未完成改正者，得停止其一个月以下原料保税进口：
一、未依第四条第一项第三款规定，于厂区设有警卫室，并派员驻守，或物品出厂时未依第十七条第三项规定填具出厂放行单编列序号，或虽经编号，但无故缺号或遗失。
二、厂房设施违反第五条规定，或未依第十四条规定对原料及成品仓库派员负责看管，或停工时未加锁或连续停工十日以上未向海关申报。
三、未依第七条第二项或第三项规定办理换照、印鉴变更登记。
四、未依第十条第一项、第四项及第七项规定期限将产品单位用料清表送监管海关备查，或违反第三十四条或第四十二条第一项第二款、第三款、第二项及第三项规定擅自放行出厂或出口。
五、未依第十条第六项规定编列不同料号或违反该项规定替代流用。
六、保税原料及成品未依第十四条至第十六条规定入出库，或未分类别，按序存放或未编号置卡。
七、保税物品进出厂（仓），未依规定填载有关单证、纪录卡、登记簿，或未于第十八条规定期限内登载有关帐册。
八、对于应编制之报表资料等，未依第二十条第四项规定期限编制报送，或对于监管海关因监管或稽核所需之各种表报资料或通知应办理或改进之事项，未依限办理。
九、违反第二十二条规定，保税工厂保税业务人员人数不足或资格不符。
十、违反第二十三条规定，未经监管海关核准办理受托加工业务。
十一、违反第二十四条第一项规定，未经监管海关核准办理检验、测试、修理、维护业务或安装作业软件。
十二、违反第二十七条之一第一项规定，未经监管海关核准办理生产非保税产品业务。
十三、对于进口成品货样，未依第三十条之一第二项规定列帐控管，或将货样剪裂、破坏。
十四、违反第三十三条第一项或第三十三条之一第一项规定，未于报单中叙明改变原用途之原因，将自用机器、设备报关运出保税工厂。
十五、违反第四十条第四项规定，未经监管海关核准办理进口原料内销。
十六、对于监管海关核准免派员监毁案件，未依第四十四条第五项规定期限，于报废清册加注销毁日期、地点、销毁方式及清运出厂目的地送监管海关核备，或未检附销毁后货物图片及其他有关证明文件。
十七、违反第四十六条第一项至第三项、第四十七条第一项、第四项及第五项、第四十八条及第五十条第一项规定，未经监管海关核准办理保税物品厂外加工、测试、检验、核样、修理、维护或展列等业务。
第53条 保税工厂有下列各款情事之一者，由海关依关税法第八十九条规定，予以警告或处新台币六千元以上三万元以下罚锾，并得命其限期改正; 届期未改正者，按次处罚; 处罚三次仍未完成改正者，得停止其六个月以下原料、自用机器、设备保税进口; 情节重大者，并得废止其保税工厂登记：
一、不依第十一条、第十二条及第二十四条第一项及第三项规定设立帐册，或未于使用前报请海关验印或核可，或帐册、表报填载不实，足以影响保税物品年度结算之数量或补税金额。
二、保税帐册、表报及凭证，不依第十三条第一项及第二项规定保管或有毁损缺页等情事。
三、丧失第四条规定之保税工厂登记条件。
四、事实上已停业（工）。
五、财务状况不良，已有不能清偿债务之事实。
六、未依第四条第五项规定办理。
第54条 保税工厂有下列各款情事之一者，由海关依关税法第八十九条规定，予以警告或处新台币六千元以上三万元以下罚锾，并得命其限期改正; 届期未改正者，按次处罚; 处罚三次仍未完成改正者，得停止六个月以下原料保税进口：
一、物品出厂时未依第十七条第二项规定填具出厂放行单。
二、出口保税物品，于出厂后未依第三十四条规定运抵出口地海关或数量短少。
三、进口保税物品于进口地提领出仓后未依第二十八条第一项规定运抵保税工厂。
四、保税物品无故短少，其短少数量逾帐载结存数量百分之三。
五、依第四十一条规定办理按月汇报补税或记账之案件，其累计应纳税费或应办记账税费超过所提供之担保。
六、经海关核准且订有运回期限之保税物品，逾期未运回。
第55条 代保税工厂加工之厂商未依第四十九条规定办理者，得停止其代加工案件。
第56条 保税工厂有搬移、私运或虚报保税物品进、出口或进、出厂或未经核准擅自将保税产品、原料或自用机器、设备出厂等触犯海关缉私条例之情事者，依该有关规定处分。
第57条（删除）
第58条 保税工厂以保税原料或自用机器、设备名义报运非保税物品进口，逾第二十九条规定之期限而自行申报补税者，除补缴税捐外，并自原料或自用机器、设备进口放行之翌日起至税捐缴清之日止，就应补税捐金额按日加征万分之五之滞纳金。 但经海关查获者，除补税及加征滞纳金外，应另依海关缉私条例第三十七条第一项第四款规定处分。
第七章 附则
第59条（删除）
第60条 保税工厂依台湾地区与大陆地区贸易许可办法向经济部国际贸易局申请核准输入之大陆地区原物料、零组件与自用机器、设备，或与所经营事业项目相关之大陆地区产品，应受海关监管。
第61条 本办法自发布日施行。