答：依据《中华人民共和国海关报关单位注册登记管理规定》第三十四条第二款的规定，遗失的注册登记证明书等相关证明文件在补办期间仍处于有效期间的，报关单位可以办理报关业务。所以，如贵司的证明文件仍在有效期内，仅仅是丢失且已经申请补办，在补办期间是可以正常办理报关业务的。
