合作中心相关政策：
1、在先封闭后进行基础设施建设的前提下，对由中方境内进入中心的基础设施（公共基础设施除外）建设物资和区内设施自用设备，视同出口，实行退税。
2、对由哈方进入中心中方区域的基础设施（公共基础设施除外）建设物资和区内设施自用设施免征关税及进出口增值税。由中心进入中方境内的货物按一般贸易税收管理规定办理。
3、对旅客携带物流从中心进入中方境内的，同意在按照海关现行有关规定进行管理的基础上，将每人每日一次携带物品免税额提高到8000元人民币。
配套区管理模式及政策：
比照珠澳跨境工业区珠海园区的税收、外汇等相关政策、功能定位和管理模式执行。
主要税收政策为：
境外货物入区保税；货物出区进入境内按货物进口的有关规定办理报关手续；境内区外货物入区视同出口，办理出口报关手续，实行退税；区内企业之间的货物交易不征收增值税和消费税。
中哈霍尔果斯国际边境合作中心中方配套区特殊政策
一、保税加工政策
1.免税：从境外进区的设备、原材料、基建物资和自用合理数量的办公用品免征进口关税；制成品及边角料、残次品、余料、废料销往境外免征出口关税；企业出口加工产品不征收增值税、消费税。
2.保税：为加工出口产品所需进境的原材料、包装物件及消耗材料，予以全额保税。
3.退税：从区外进入中方配套区的货物视同出口，可办理出口退税；区内企业使用水、电、气实行退税政策。
4.免证：货物可以在中方配套区和其它国家之间自由进出，除国家另有规定外，不需配额和许可证；海关不实行《登记手册》管理；开展加工贸易业务不实行加工贸易银行保证金台账制度；不实行合同核销，不实行单耗管理。
二、保税物流仓储及进出口贸易政策
1.区内存储货物的品种和仓储时间不受限制，可在不改变物权情况下，根据物权单位的指令，将仓储于保税仓库内的货物直接或进行简单加工后自由配送；销往区内、国内其他特殊监管区或境外，不征收增值税、消费税。
2.区外企业可将多种商品入区获得退税后，根据客户指令集运出口。
3.国内外采购商从境外采购货物，进入中方配套区，按照区外企业需要，分批次办理出库供货。
4.加工贸易企业将采购的国产中间产品出口到中方配套区（国内货物进区可视同出口），再由下游加工贸易企业办理进口手续，以达到出口退税的目的。
5.区内企业可开展研发业务，所用境外和国内的仪器、设备、材料等不受产业限制一律享受免税、保税和退税政策；境外和区外进出的检测货物，享受保税政策；国产出口设备等货物可进入区内保税维修并复运出境。
6.区内与境外间进出的货物，海关实行备案制，不实行进出口配额、许可证管理。
三、海关监管政策
1.海关对中方配套区与境外之间进出口货物实行备案制管理。
2.中方配套区内企业可向海关集中申报手续。
3.经海关批准，区内企业可将其进口料件和生产的半成品委托区外企业加工，经加工后返回综合保税区。区外企业也可委托区内企业加工，加工后返回区外。
4.海关对于中方配套区与其他海关特殊监管区或者保税区监管场所之间往来的货物，实行保税监管。
5.中方配套区货物不设存储期限。
四、检验检疫政策
1.区内企业从境外入区的仓储物流货物以及自用的办公用品、出口加工所需原材料、零部件免予强制性产品认证。
2.从非保税区进入中方配套区的货物,又输往非保税区的,不实施检验.
3.经中方配套区转口的应检物，在区内短暂仓储，原包装转口出境并且包装密封状况良好，无破损、撒漏的，入境时仅实施外包装检疫。
4.对入区后又复出区进入国内市场的货物,在检验检疫有效期内免予实施检疫.
5.转口应检物出境时，除法律法规另有规定和输入国家或地区政府要求入境时出具我国检验检疫机构签发的检疫证书或检疫处理证书的以外，一般不再实施检验和检疫处理。
6.区内企业之间销售、转移进出口应检物，免予实施检验检疫。
五、其他方面政策
自由流转：中方配套区内货物可以在区内企业之间自由流转。区内企业之间在转让货物时,只需向海关报送货物品名、数量、金额等电子数据信息,不需要报关办进出区手续。