深加工结转货物的申报，应按照《中华人民共和国海关关于加工贸易保税货物跨关区深加工结转的管理办法》规定办理。即转出、转入企业凭“中华人民共和国海关加工贸易保税货物深加工结转申请表”分批或集中办理报关手续。您所说《中华人民共和国海关进出口货物集中申报管理办法》（海关总署令第169号），并不适用深加工结转货物申报。
