根据《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》第三十五条的规定,已进口的减免税货物在办理申报补税时,以海关审查确定的该货物原进口时的价格,扣除折旧部分价值作为完税价格,以此来计算应征税款。根据《中华人民共和国海关进出口货物征税管理办法》的规定,的已申报进境并放行的保税货物、减免税货物等,在办理申报补时,应当适用海关接受纳税义务人再次填写报关单申报办理纳税及有关手续之日实施的税率。关于完税价格的确定及关税、增值税计算方法请浏览《中华人民共和国海关审定进出口货物完税价格办法》第三十五条及《中华人民共和国海关进出口货物征税管理办法》第十七条。