你好，若贵司未提交合法使用有关知识产权的证明文件的，海关会中止放行货物并书面通知知识产权权利人，还可以处5万元以下罚款。

依照《中华人民共和国海关关于〈中华人民共和国知识产权海关保护条例〉的实施办法》第二十一条的规定，海关对进出口货物实施监管，发现进出口货物涉及在海关总署备案的知识产权且进出口商或者制造商使用有关知识产权的情况未在海关总署备案的，可以要求收发货人在规定期限内申报货物的知识产权状况和提交相关证明文件。收发货人未按照前款规定申报货物知识产权状况、提交相关证明文件或者海关有理由认为货物涉嫌侵犯在海关总署备案的知识产权的，海关应当中止放行货物并书面通知知识产权权利人。

此外，《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》第二十五条第二款还规定，需要向海关申报知识产权状况，进出口货物收发货人及其代理人未按照规定向海关如实申报有关知识产权状况，或者未提交合法使用有关知识产权的证明文件的，可以处5万元以下罚款。